Stosowanie antybiotyków jest niezbędne w przypadku zakażeń bakteryjnych czy grzybiczych, a także uogólnionych infekcji całego organizmu. Antybiotyki przyjmowane drogą ustną przyczyniają się w znaczący sposób do wyjałowienia flory bakteryjnej jelit, co może skutkować przede wszystkim problemami z układem pokarmowym (takimi jak na przykład zaparcia, biegunki czy wymioty). Od lat zaleca się więc stosowanie przy antybiotykoterapii środków wspomagających regenerację flory bakteryjnej przewodu pokarmowego, czyli tak zwanych probiotyków (przykładowe produkty tego typu można znaleźć w każdej aptece, jak również na licznych stronach internetowych, jak chociażby https://www.ekopteka.pl/pol_m_Probiotyki-2155.html).
O polecenie najbardziej odpowiedniego w danym przypadku środka osłonowego warto jest poprosić lekarza prowadzącego i wyznaczającego formę leczenia lub poradzić się farmaceuty. Probiotyki należy stosować najlepiej w ciągu dnia, zachowując odstęp od innych leków (w tym przede wszystkim od probiotyków). Jak każdy inny lek czy suplement najlepiej jest je popijać zwykłą wodą, aniżeli sokiem owocowym, słodkim napojem gazowanym czy herbatą bądź kawą. Warto również pamiętać, że istnieją również domowe sposoby na przywrócenie odpowiedniej flory jelitowej w przypadku brania antybiotyków – poleca się więc stosowanie gotowych probiotyków aptecznych ze spożywaniem w trakcie choroby i rekonwalescencji produktów mlecznych zawierających żywe kultury bakterii (jak na przykład kefir czy maślankę).