Medycyna tradycyjna skupia się przede wszystkim na leczeniu chorób i ich objawów. Takie podejście jest zazwyczaj nieskuteczne nawet w przypadku długotrwałego przyjmowania różnych lekarstw. W przypadku medycyny funkcjonalnej głównym obszarem skupienia jest pacjent, a nie choroba. Lekarz poprzez szczegółowy wywiad z pacjentem stara się znaleźć przyczynę, która wywołuje daną chorobę. Zazwyczaj choroby spowodowane są zaburzeniami równowagi organizmu. Przywrócenie homeostazy zdaniem zwolenników medycyny funkcjonalnej jest równoznaczne z wyleczeniem choroby. Medycyna funkcjonalna sprawdza się przede wszystkim w leczeniu chorób cywilizacyjnych oraz autoimmunologicznych takich jak otyłość, cukrzyca, alergie, depresja zaburzenia hormonalne. Szczegółowych informacji uzyskać można, odwiedzając instytut medycyny funkcjonalnej.
Medycyna funkcjonalna największą uwagę przywiązuje do prawidłowej pracy jelit. Okazuje się bowiem, że to właśnie jelita odpowiadają za 80 procent ludzkiej odporności. To właśnie za ich pośrednictwem dochodzi do wchłaniania substancji pokarmowych, a także do syntezy różnego rodzaju hormonów oraz neuroprzekaźników. Nieprawidłowe funkcjonowanie jelit może zdaniem zwolenników medycyny funkcjonalnej doprowadzić do powstawania chorób. Medycyna funkcjonalna wspomaga prawidłowe odżywianie, trawienie oraz detoks organizmu. Dzięki przywróceniu równowagi w organizmie pacjenci mogą liczyć na poprawę zarówno stanu zdrowia, jak i nastroju. Efektem wprowadzonych zmian w sposobie życia jest także poprawa sprawności fizycznej i umysłowej, eliminacja bólu głowy, mięśni i stawów, a także opóźnienie efektów starzenia.